昌吉州历史悠久，新石器时代，木垒河一带已有原始人类狩猎。距今3000～4000年前，州境内已有人类居住。西汉初年，州境属车师后国。汉宣帝元康四年（公元前62年）在北庭（今吉木萨尔县）设戊已校尉，神爵二年（前60年），设西域都护府，昌吉州境即入汉。此后州境或汉或胡，变更频繁。隋时属西突厥。
唐太宗贞观十四年（640），唐平定高昌曲氏王朝，以车师后王庭为庭州，辖金满、轮台、蒲类、西海四县，相当于今昌吉州的大部分地区。唐武后长安二年（702），改庭州为北庭都护府，管辖天山以北、以西直到里海东部、北部广大地域。宋时属西州回鹘。元时设别失八里尚书省，后置别失八里宣慰司、都元帅府。明时属瓦剌。
清乾隆二十六年（1761），由都司永海和革职总兵吴士胜等率兵督建昌吉城(即宁边城)。清乾隆三十八年（1773），将迪化(乌鲁木齐)州知州改为直隶州知州，将宁边(昌吉)州改为知县，作为州属。昌吉县建立。清光绪十年（公元1884年），新疆建省，昌吉州大部归迪化府。
1949年9月25日，新疆和平解放。1950年1月，设迪化专区，今昌吉州各县均属迪化专区。1954年2月1日，迪化市、县改称乌鲁木齐市、县，孚远县改称吉木萨尔县、乾德县改称米泉县、景化县改称呼图壁县、绥来县改称玛纳斯县。1954年7月15日，昌吉回族自治区成立，辖乌鲁木齐、昌吉、米泉3县。1955年3月11日，昌吉回族自治区更名为昌吉回族自治州。1958年5月26日始，玛纳斯、呼图壁、阜康、吉木萨尔、奇台5县和木垒哈萨克自治县悉归昌吉州所辖。翌年，乌鲁木齐县划归乌鲁木齐市。1983年、1992年和1996年，昌吉县、阜康县和米泉县分别撤县建市。2007年，米泉市划入乌鲁木齐市。
昌吉州人文荟萃、风情浓郁。以车师古道、北庭古城和西大寺为代表的“丝绸之路”历史文化，以民族歌舞、民风民俗以及特色餐饮为代表的民族文化，以天山天池和硅化木、原始胡杨林、鸣沙山为代表的旅游文化，以康家石门子岩画、阿肯弹唱为代表的游牧文化，以恐龙化石为代表的史前文化，构成了昌吉州厚重的文化底蕴和丰富的文化资源。
航空 昌吉市距乌鲁木齐机场仅18公里。
铁路 兰新铁路西延线（乌鲁木齐至阿拉山口）横穿州境。
公路 312国道、216国道、吐乌大高速公路、乌奎高速公路穿境而过。昌吉州客运中心站每天都有发往全州各县市及全疆各地的班车，去乌鲁木齐的中巴车平均每五分种就有一辆。
公交 昌吉市有50多条公交线路，联通市区、市郊各地，非常方便。
的士 昌吉市内出租车起步价5元。
昌吉塔色风味：
烤全羊：维吾尔族独特风味食品。即将刚宰杀的羊涂抹调料后，放在火上烤炙，熟后即成。具体烤法有两种：一种是放在馕坑上烤熟；另一种是由铁棍穿起放在铁槽内的炭火上烤熟。其形完整大方，其色焦黄透亮，其味酥脆溢香，且食者能随意选择部位，各得其所。烤全羊用来招待尊贵客人和至亲好友，是豪华宴席上必备名品。
黄面：是经手工拉出凉拌着吃的面，因颜色油亮金黄而得名。在昌吉市、米泉县等地的回族人中间，多有出名的拉黄面师傅，拉出的面细如游丝，柔韧耐嚼。再加上配料精致独到，蒜、醋、辣味俱全，深受群众欢迎。而昌吉市流行的“烤肉拌凉面”的独特吃法。
拌面：手工拉出的面再配以炒菜而吃的一种面食，因其价廉实惠而受欢迎。在维吾尔族及回族中，有一些熟练的拉面师傅，一次可拉一两公斤面，供10人以上食用。这种面被称为“把子面”，粗细匀称，软硬适度，吃起来特别滑溜可口。如果再加上用羊肉片和辣子炒出的菜，即所谓的“过油肉拌面”，就更是本地人和游客十分喜爱而又常常食用的美味佳肴了
奶茶：哈萨克、维吾尔族传统家常饮料。即在熬煮后的专、茯茶中加牛、羊奶和盐后制成。具有营养和提神的效用，被称作“东方咖啡”。一般在吃各种干食时当水饮用，有时单独饮用，则既解渴又耐饥，比各种现代饮料更胜一筹。
馕焖肉：本地特色食品之一。做法是先将羊肉在锅内红烧后，加水，在肉上面盖上馕饼，加锅盖炖至肉熟。然后将馕饼拿出切成块，放入大盘内，再在上面放炖好的肉和菜。食时一边吃馕，一边吃肉。因这种食品兼有主食和菜肴的功能，所以不用另加主食即可饱腹。加之其味浓郁醇香，所以深受食者喜爱。薄皮包子：维吾尔族叫“皮提曼塔”，选用上好的料羊肉作馅制成，是维吾尔族人民喜爱的美味食品。其特点是：色白油亮，皮薄如纸，肉嫩油丰，伴有新疆洋葱(皮牙子)浓郁的香甜味，非常爽口好吃。
昌吉建设路的西域老回民饭庄可以品尝到正宗的回民宴席――九碗三行。亚中商贸城内的亚中饮食一条街上有一家小林丸子汤店非常不错。
昌吉、乌鲁木齐两市相距35公里，说近不近，说远不远，但正是这35公里的距离使得昌吉既有了与乌鲁木齐相衔接的现代都市气息，又更多的保留了山地、草原、大漠和州内各民族原生态的风土。
在昌吉，酒吧、茶楼、夜总会、KTV、健身中心等现代娱乐消闲场所随处可见，华灯初上之时，浪漫的情调、活力迸射的动感音乐在霓虹闪烁、光影摇曳的夜色中散发着都市夜的迷醉和多彩！
像昌吉迷人而丰富的都市夜生活一样，昌吉的民族传统娱乐活动也是丰富多彩的，哈萨克的阿肯弹唱、维吾尔族的歌舞，声势浩大的赛马、叼羊大赛，寻觅爱情的“姑娘追”等传统娱乐活动以及回族的肉孜节、古尔邦节等民族节日，浓浓的民族风情，无不令人心生留恋，无限沉醉！
昌吉自古就是天山以北地区重要的商品集散地。新疆历史上素有金奇台、银绥来（玛纳斯）之说，两地当年都是古丝道上赫赫有名的重要商埠。昌吉的水果、药材等是购物的首选。昌吉的乌伊路、延安路是繁华的商业地段。
